Lo vedo difficile, in Germania dove il discorso è molto più sentito si parla di passare da diesel euro 5 ad euro 6 (si può fare per molti modelli di varie marche), per ora lo paga il singolo utente anche se alcuni servizi di consumatori stanno spingendo per far partecipare/pagare le case costruttrici.
Di passare da diesel Euro3 a 5 non ho mai sentito, in Italia non penso che sia nemmeno certificabile; potresti cercare in Svizzera (però non è Cee e non hanno mai amato il diesel) oppure per l'appunto in Germania, far fare il lavoro se possibile e relativa certificazione (però devi passare attraverso la reimmatricolazione 2 volte Italia-Germania-Italia), ed a quel punto sul libretto torneresti in Italia con Euro5. Secondo me i limiti sono troppo restrittivi sul diesel per permettere questo tipo di discorsi, ovvamente sempre all'estero tipo Germania o Inghilterra, (in Italia non è possibile) potresti trovare un motore Euro5 di un'auto simile (visto che la 203 non lo è mai stata), farlo adattare, certificare e poi reimportarlo in Italia.
Altra possibilità da vedere prima direttamente in Motorizzazione della tuà città (o province preferibilmente limitrofe, ognuna opera in maniera un po' diversa), è fare il contrario di quello che si faceva decenni addietro sui fuoristrada a benzina, sempre che sia ancora possibile o non abbiano inserito limitazioni (tipo l'età), in pratica trovi un motore a benzina di un w203 (probabilmente solo il 180 lo permetterebbero per una questione di potenza minore a quello attuale montato), fai togliere il diesel e monti quello, vai alla Motorizzazione per la prova ed a qual punto hai un'euro3 a benzina. Ma prima chiedi e ti fai dare i documenti in Motorizzazione.
Alla fine, per me fai prima a tenere la W203 seminuova per un uso limitato (tipo week-end fuori zona o sera, in cui non ci sono limiti) e prenderne un'altra usata per gli altri giorni.